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僕も実はあまりわかってなかったんだけども、ネットの力はものすごく、大体の答えがわかりました。

簡単にはこういうこと。
http://home.tokyo-gas.co.jp/shoku110/unchiku/053.html

江戸時代から、「南蛮」といえば唐辛子やねぎのこと。そば屋で「南蛮」といえば「ねぎ」をさしています。
カレー南蛮が最初に売り出されたのは大阪で、明治42年のことでした。当時の内容はわかりませんが、現在では、カレー南蛮というと、一般にねぎを使い、カレーうどんというと、ねぎの代わりに玉ねぎを使うことが多く、これが違いといえば違いです。

もうちょい詳しく行くと、、、
http://www.menkyo.or.jp/sobabanashi/03fall.htm
http://homepage3.nifty.com/m_sada/TEAROOM/SOBA03.html
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%8D%97%E8%9B%AE
http://www10.ocn.ne.jp/~sobakiri/4-1.html
http://www10.ocn.ne.jp/~sobakiri/4-3.html
http://www.hatena.ne.jp/1137304460
http://www2.plala.or.jp/kamkamkam/gimon2/no61/nanban.htm

「南蛮」の由来は、貿易が始まり渡来したポルトガル人が「ネギ」を多く食べているのを見た、当時の人が、「ネギ」を指すのに用いたのが由来だそうです。 　ポルトガル人は「玉ネギ」を使った料理を数多く食べていたのですが、日本には、当時「玉ネギ」がなく、ポルトガル人は代用として「長ネギ」を多く食べ、鴨南蛮などは、鴨肉とネギを使った料理という意味だとのこと。また、大阪近辺で、「鴨なんば」という言い方をするのは、昔、難波近辺がネギの産地であったことが由来とのことです。

どうも東京では（と一応書いておく）、カレー南蛮というと南蛮＝ネギでかつ蕎麦屋の呼び方のよう。
（だから、蕎麦が多いんだと思う。うどんもある）
でもって、南蛮＝ネギなのは玉ねぎの代用で長ネギを南蛮人（ポルトガル？オランダ？）が食べていたことだからみたいですね。

んんん、なかなか奥が深い。。。
まあ、うまきゃいいのです。